Impact des fronts sur le phytoplankton

Je cherche à quantifier les effets des dynamiques de sub-mésoéchelle (~0.1-10km) sur la productivité et la biodiversité du phytoplancton. Pour cela, j’utilise la température de surface satellite (SST) pour détecter des fronts, dans lesquels je mesure la quantité de Chlorophylle-a, également obtenue par satellite. Je conduis cette étude dans l’Atlantique Nord, autour du Gulf Stream.

J’ai pu quantifier une augmentation de Chlorophylle dans les fronts, qui peut être expliquée par l’apport local de nutriments par upwelling. L’augmentation de Chlorophylle est plus importante pour les fronts intenses que pour les fronts plus faibles, cependant parce que les fronts intenses sont plus rares leur effet total sur la quantité de Chlorophylle est moins important que celui des fronts plus faibles.

J’ai également pu détecter un bloom de printemps commencant quelques jours plus tôt dans les fronts que dans le background. Cela peut être expliqué par la tendance à re-stratifier des fronts de sub-mésoéchelle. Le bloom est aussi plus long de quelques jours dans les fronts.

Nous plannifions d’étendre cette étude à la composition du phytoplancton, et à d’autres régions d’études.

Vous pourrez trouver tous les codes utilisés dans cette étude ici: Gitlab (IN2P3).

Projets annexes

Vous pourrez trouver ci-dessous quelques outils que j’ai développé qui pourraient vous être utiles.

Filefinder

  Ce paquet permet de trouver des fichiers grâce à la structure de leur nom de fichier. Utile pour gérer des bases de données constituées de beaucoup de fichiers, avec de multiples dates ou paramêtres par exemple. La structure des noms des fichiers est indiqué avec une syntaxe simple mais puissante. Les parties des noms de fichiers qui varient entre les différents fichiers sont indiquées avec des ‘format string’, des expressions régulières ou avec des valeurs par défaut (principalement pour les dates).

XArray-histogram

 Ce paquet permet de calculer des histogrammes depuis des données gérées par XArray, profitant ainsi de la gestion des labels et dimensions. Les calculs reposent sur la librairie Boost Histogram, donnant des fonctionalités supplémentaires et de meilleures performances qu’avec les fonctions numpy.

Tol-Colors

  Un paquet qui donne accès à des sets de couleurs pour des lignes ou des cartes, tous adaptés aux personnes daltoniennes. Ces jeux de couleurs ont été créés par Paul Tol, je les ai seulement rendus accessibles sur Pypi.

Dateloop

 Une simple commande bash pour créer des ensembles de dates. Utile pour des opérations sur des ensembles de dates.